La más votada fue diseñada por Matias Sena alumno  de  la Escuela primaria 603, con 965 sufragios. Será  izada por primera vez  en el acto del 20 de junio.

Matias Sena,  autor de la bandera fundamento: “En la bandera que realicé para San Javier quise reflejar el espíritu de crecimiento desde los tiempos jesuíticos hasta nuestros tiempos, porque considero que nuestros primeros pasos los dimos con las reducciones de 1629. Luego comenzamos a recorrer un largo camino a través de nuestro sentir y accionar misionero que va acompañado de inmigrantes, nativos y criollos que conforman el grupo de pioneros que aparecen en 1877.En este camino siempre estuvo como testigo el circundante Río Uruguay, que con sus aguas refresca las costas de Cerros, hermosos paisajes y cañaverales típicos de nuestro San Javier que se funden en el horizonte. Descripción: El ROJO representa el camino histórico de los tiempos jesuitas, a través del rojo de la tierra misionera que llevó la marca paso a paso de los pioneros que refundan nuestra ciudad. La CRUZ JESUITA reforzando nuestra identidad jesuítico – guaraní. El AZUL – CELESTE representa el Río Uruguay y el agua dulce, pura y cristalina de las napas subterráneas, característica de nuestra ciudad. El VERDE de los cerros y cañaverales que ondean nuestros paisajes. El CAMINO ROJO  es la línea divisoria del Horizonte y todo el reflejo de San Javier se ve en el río Uruguay”.