San Javier, al igual que diversas localidades costeras en Misiones ubicadas a lo largo del río Uruguay, se encuentra en estado de alerta debido al constante aumento del nivel del mencionado río. La elevación del nivel de agua en el río Uruguay es un fenómeno que ocurre a un ritmo aproximado de 10 centímetros por hora, y el domingo 8 de octubre, a las 19:00 horas, se registraba una altura cercana a los 9 metros.
Esta crecida del río se debe a la liberación de agua realizada por la represa de Foz de Chapecó, ubicada en la frontera entre Río Grande do Sul y Santa Catarina, Brasil. Esta liberación se ha hecho necesaria debido a las intensas lluvias en las cuencas superiores del río.
El municipio de San Javier se encuentra en estado de alerta debido a las previsiones de lluvias intensas en las próximas horas, lo que podría llevar el nivel del río a alcanzar los 13 metros sobre el nivel del mar. Esta misma situación de alerta permanente se vive en otros municipios costeros de Misiones, como Panambí y Alba Posse. Además, se ha suspendido la operación de todos los pasos en balsa que conectan la provincia de Misiones con el país vecino.
