En el Departamento de San Javier funcionó la primera Jefatura de Policía, de la “Policía de la Provincia de Misiones.” Fue creada el 8 de mayo de 1.856, por Decreto del Gobernador de Corrientes Don Juan Pujol, quien designó al Sargento Mayor Don Lino Martínez para hacerse cargo de la jefatura de San Javier, después de varios días de viaje por caminos inexistentes, compraron un rancho de madera y adobe y techo de paja. Mitad de los agentes se establecieron en esta primera comisaría y los demás se distribuyeron por otros destacamentos de la región. El agente Prieto Zarabía fue el primer agente caído en cumplimiento del deber en 1.858. En 1.857 el Jefe Don Manuel Toledo ordenó las “Partidas de campañas” que limpiaron la zona de malhechores y malvivientes que merodeaban sin trabajo por la costa del Uruguay.
El uniforme de los agentes estaba formado por una chaquetilla corta tipo campera de color gris igual que el casquete, bombacha ancha ceñida polainas de cuero, alpargatas y cinto ancho en invierno llevaban ponchos. Usaban una sable largo, una carabina Rémington y algunos, revólveres. Todos iban a caballo.
En 1.878 la Jefatura de Policía se trasladó a Corpus y en 1.883 a Posadas y aquí solo permanecieron el comisario y seis agentes. A partir de 1.881 el Poder Ejecutivo de la Nación promulgó la Ley de Federalización del Territorio de Misiones. La policía pasó a depender del Ministerio del Interior de la Nación, hasta 1.957 en que se creó la Policía Provincial.

En la actualidad San Javier cuenta con cuatro dependencias policiales específicas. 1-Comisaria San Javier que atiende todo lo inherente a hechos delictivos, y su investigación aborda la seguridad integral de toda la localidad, atendiendo requerimientos relacionados a todo tipo de hechos delictivos y contravenciones, como así también realiza atención a la ciudadanía en todo tipo de trámites administrativos. Cuenta en la actualidad con (28) efectivos incluyendo el Jefe, segundo Jefe y tres oficiales.
2-Comisaria de la Mujer la cual cuenta con catorce (14) efectivos en la actualidad, incluyendo Jefa de Comisaria y dos Oficiales. Atiende todo tipo de hechos relacionados con Violencia de Género y de abusos Sexuales.
3-División Comando Radioeléctrico el que cuenta en la actualidad con 16 efectivos incluyendo un Jefe de división, su misión es solamente preventiva, no realiza ninguna actividad investigativa ni administrativa, su función específica es el trabajo en la calle, recorriendo los barrios, y brindando cobertura de seguridad en sectores de mayor fluidez de personas a fin de evitar delitos.
4- Sección Vial y turismo el que cuenta con 14 efectivos y su misión específica es el control del tránsito dentro del ejido urbano de San Javier, itacaruare, y Mojón Grande. Asimismo el control vial desde San Javier hasta la localidad de Leandro N. Alem.

5 Sección investigaciones cuenta con 8 integrantes.